2002年，中国中西医结合学会消化专业委员会建湖胃肠病诊治协作中心在医院正式揭牌，北京中医医院主任医师危北海、第一军医大学南方医院博导、主任医师张万岱、上海瑞金医院教授主任医师王冠庭出任中心指导。
2003年6月，成立消化内窥镜中心。同时从同济医科大学引进了一名消化科硕士学位研究生查光成，选派谷跃春去上海瑞金医院消化内科进修一年。邀请上海瑞金医院教授主任医师王冠庭定期来院指导胃（肠）镜诊疗工作。
2004年，选派查光成去上海中山医院内窥镜中心进修。开展无痛胃镜的检查和治疗，开展食管、胃吻合口狭窄扩张，食管、贲门、胃、十二指肠息肉的射频消融治疗，上消化道出血的射频治疗。上海中山医院内镜中心主任陈士跃来院指导内镜检诊技术。年检查人次约1400人次。
2005年，先后选派谷跃春、查光成和普外科医生左云鹏去上海中山医院内窥镜中心各进修肠镜3个月。
2006年6月底，添置日产富士能电子肠镜、胃镜各1台，并配备了1台内窥图文报告系统，胃（肠）镜室对消化道疾病的诊治更趋完善、规范。
2007年，年检查病人近2000例，年收入30多万元，服务范围覆盖阜宁、射阳、盐都、响水、滨海、宝应、淮阴等县市。
目前胃（肠）镜室主要开展的检查项目有：胃、食管、十二指肠及结肠等上、下消化道病变的检查诊断。开展的治疗项目有：内镜上下消化道息肉摘除，上下消化道出血止血治疗，消化道狭窄的镜下扩张治疗，消化道异物取出术。
2011年添置了 奥林巴斯 Q260型 胃镜2套、肠镜1套、支气管镜1套、十二指肠镜1套。
